湖南省文物考古研究所从2002年至2004年连续三个年度，对宁远县玉琯岩遗址进行考古调查、勘探和发掘工作，目前发掘的仅是其中的一小部分，但已获得很多重要的资料。
　　
　　在已发现的几个不同时期的建筑遗迹中，早期的遗迹已遭到破坏，保存很不完整，出土有汉代遗物；中间一层的遗迹，出土有唐代的建筑构件和其他遗物；晚期遗迹为一组保存较为完整，规模宏大的建筑基址，出土有宋代的瓦当、筒瓦、板瓦、脊兽、滴水以及条砖、铺地方砖等，还有用于祭祀的陶瓷碗、盏、杯、碟等。瓦当中有“王”字兽面纹瓦当与花卉纹瓦当，陶瓷器残片有“开宝××”铭记。
　　
　　根据遗迹的打破和叠压关系以及出土遗物判断，宋代的建筑基址大约建于北宋时期，它是在唐代的基址上扩大重建的，南宋以后废弃。从汉代开始，前后历经1000余年，虽经多次废弃、重建，但其位置始终不变。
　　
　　宋代的建筑遗址，已揭露的有主殿、寝殿、配殿、廊庑及排水设施等。主殿建筑面积876平方米，面阔七间，进深四间。寝殿建筑面积416平方米，面阔五间，进深三间，二殿之间有廊道相连。主殿与寝殿左右两侧有配殿，殿的两翼有对称的廊庑围绕，是一座多进多单元式廊庑建筑。建筑群坐北朝南，主次分明，对称均衡，布局严谨，规模宏大。
　　
　　这种以廊庑连成工字形平面布局的形式，与山西万荣后土祠庙貌碑所刻的后土祠的布局和河南登封中岳庙图碑之中岳庙有相似之处。目前所知，这种布局方法大约出现于北宋，它对后期的祠庙建筑产生了深远的影响。
　　
　　宋代崇尚祀祠，《宋史》记载，太祖时诏郡立古帝王陵庙，派人管理，各地也相继兴起建筑祠庙。祠庙配置也有一定的规则，大致可分为三个等级。后土祠与中岳庙都是奉诏按照最高级的标准修建的，属于国家祭祀之祠。
　　
　　玉琯岩遗址属九疑山地区，汉代以来多有关于舜帝陵庙的记载。马王堆三号墓出土的地形图，在一山侧标出“帝舜”二字。墓主人为西汉初年长沙丞相轪侯利苍的儿子，葬于汉文帝十二年（前168年）。地形图上有九个柱状符号，符号后面有一建筑物。研究者根据司马迁《史记·五帝本纪》“舜践帝位三十九年，南巡狩，崩于苍梧之野，葬于江南九疑”和北魏郦道元《水经·湘水注》九疑山“南山有舜庙，前有石碑”等记载，推测九个柱状物为九块石碑，后面的建筑物则为舜庙。根据已发现的建筑遗迹，尤其是保存较为完整的宋代建筑基址，结合有关文献的记载，以及玉琯岩摩崖石刻，发掘者推测，玉琯岩遗址是汉代以来祭祀舜帝的祠庙遗址，是有根据的、科学的。
　　
　　玉琯岩舜庙遗址的发现，是我国历史上五帝祠庙考古上的首次发现，是目前已知时代最早的舜帝祠庙。它为古代祭祀的历史和祠庙建筑的研究提供了新的考古资料。随着该遗址的进一步发掘，必将有助于我国考古学、历史学、建筑学研究的深入。